Володимир Швадчак

Доктор філософії у галузі “Науки про життя”

доцент кафедри біохімії та біотехнології

Біографічна довідкаОсновні публікаціїКонтакти

ШВАДЧАК Володимир Васильович

Е-mail: volodymyr.shvadchak@pnu.edu.ua

Дата народження: 02.01.1983 (м. Івано-Франківськ)

Громадянство: Україна

ORCID: 0000-0001-8302-8073

Місце роботи

Кафедра біохімії та біотехнології Прикарпатського нацiонального унiверситету iмені Василя Стефаника, м. Івано-Франківськ, Україна (з серпня 2021 року).

Освіта
2005-2009	Аспірантура за напрямком ” Науки про життя – молекулярні та клітинні аспекти біології»”, фармацевтичний факультет університету Страсбурга (Франція) Дисертацію за темою ”Two-color fluorescent dyes for monitoring peptide interactions: application to retroviral proteins” було захищено під керівництвом Prof. Yves Mély і Dr. Hugues de Rocquigny 20 квітня 2009 р.
2000-2005	Хімічний факультет Київського Національного Університету ім. Тараса Шевченка. Органічна хімія. Магістр.

Попередні місця роботи
Лют 2015 -Лип 2021		Постдок/в.о.керівника групи в Інституті Органічної Хімії та Біохімії АН Чехії (IOCB Prague) (https://www.uochb.cz/en) тема досліджень: Інгібіювання фібрилізації α-синуклеїну.
Лют 2014 -Лют 2015		Постдок в групі нанобіофізики в Інституті Атомної та Молекулярної Фізики (AMOLF), Амстердам, Нідерланди. Керівник Dr. Vinod Subramaniam in (https://amolf.nl) тема досліджень: Кінетичний механізм фібрилізації α-синуклеїну.
Вер 2012 -Лют 2014		Постдок в групі нанобіофізики університету Твенте (Енсхеде, Нідерланди), керівники Dr. Vinod Subramaniam і Dr. Mireille Claessens (https://www.utwente.nl/tnw/nbp/) тема досліджень: Конформація α‑синуклеїну на мембранах та в олігомерах.
Сер 2009 -Сер 2012		Постдок в лабораторії клітинної динаміки (керівник Dr. Thomas Jovin) в Max Planck Institute for Biophysical Chemistry (Німеччина) (http://www.mpibpc.mpg.de/jovin) тема досліджень: Взаємодія α-синуклеїну з мембранами.

Нагороди, Стипендії, Отримані гранти

– 2018 Премія Отто Віхтерле АН Чехії (Otto Wichterle Award)

– 2017 Грант для молодих вчених від грантової агенції Чехії (GAČR 18-06255Y, “New strategy for inhibition of amyloid fibril formation”)

– 2015 Нагорода для постдоків підгрупи неструктурованих протеїнів Біофізичного товариства (США), робота “Fibril breaking accelerates α-synuclein fibrillization”

– 2010 Грант-стипендія Марії Кюрі Marie Curie (проєект “Detection of membrane-interacting cytotoxic amyloid intermediates with novel fluorescent probes”)

– 2009 Приз за обрану дисертацію в напрямку наук про життя й здоров’я (“Vie et Santé”) Страсбургського Біологічного Товариства

– 2007 Стипендія уряду Франції (‘Bourse d’excellence’) по проміжних результатах PhD роботи.

Publications

ORCID: 0000-0001-8302-8073

50 Articles H-index 24

Scopus: Times cited 1283, Without self-citations 1050

2022
1. Poryvai, A., Galkin, M., Shvadchak, V., Slanina, T. (2022) Red-shifted water-soluble BODIPY photocages for visualisation and controllable cellular delivery of signaling lipids, Angew. Chem. doi: 10.1002/anie.202205855
2021
2. Galkin, M., Priss, A., Topcheva, O., Yushchenko, D. A. and Shvadchak, V. V. (2021) FRET-based assay for intracellular evaluation of α-synuclein aggregation inhibitors, J Neurochem, 159, 901-12
3. Kurochka, A. S., Yushchenko, D. A., Bour, P., Shvadchak, V. V. (2021) Influence of lipid membranes on α synuclein aggregation, ACS Chem Neurosci, 12, 825-830.
4. Priss, A., Afitska, K., Galkin, M., Yushchenko, D. A., Shvadchak, V. V., (2021) Rationally designed protein-based inhibitor of α-synuclein fibrillization in cells, J Med Chem, 64, 6827-6837
5. Gaur, P., Galkin, M., Kurochka, A.,Ghosh, S.,Yushchenko, D. A., Shvadchak, V. V., (2021) Fluorescent probe for selective imaging of α-synuclein fibrils in living cells, ACS Chem Neurosci, 12 , 1293-1298
2020
6. Afitska, K., Priss, A., Yushchenko, D. A., Shvadchak, V. V. (2020) Structural optimization of inhibitors of α synuclein fibril growth: affinity to the fibril end as a crucial factor, J Mol Biol 432, 967-977.
7. Gaur, P., Galkin, M., Hauke, S., Redkin, R., Barnes, C., Shvadchak, V. V., Yushchenko, D. A. (2020). Reversible spatial and temporal control of lipid signaling. Chem Commun (Camb), 56, 10646-10649.
8. Sysoiev, D., Prochazkova, E., Semenenko, A., Pohl, R., Shishkina, S., Klepetarova, B., Shvadchak, V, Yushchenko, D. A. (2020). Di(benzothienyl)cyclobutenes: toward strained photoswitchable fluorophores. ChemPlusChem, 85, 2084-2092.
2019
9. Kyriukha, Y.A., Afitska, K., Kurochka, A.S., Sachan, S., Galkin, M., Yushchenko, D.A., Shvadchak, V.V.¬ (2019) α Synuclein dimers as potent inhibitors of fibrillization J Med Chem 62, 10342-10351.
10. Gaur, P., Kucherak, O.A., Ermakova, Y.G., Shvadchak, V.V., Yushchenko, D.A. (2019) Nitrobenzyl-based fluorescent photocages for spatial and temporal control of signalling lipids in cells, Chem Commun (Camb) 55, 12288-12291.
11. Afitska, K., Fucikova, A., Shvadchak, V. V., Yushchenko, D. A. (2019). α-Synuclein aggregation at low concentrations. Biochim Biophys Acta Proteins Proteom 1867, 701-709.
2018
12. Kyriukha, Y., Kucherak, O., Yushchenko, T., Shvadchak, V., Yushchenko, (2018) 3-Hydroxybenzo[g]chromones: Fluorophores with red-shifted absorbance and highly sensitive to polarity emission. Sensors & Actuators 265, 691-98
13. Shvadchak, V., Afitska, K., Yushchenko, D. (2018) Inhibition of α-synuclein amyloid fibril elongation by blocking fibril ends. Angew Chem 57, 5690-94.
14. Park, K., Kuo, Y., Shvadchak, V., Ingargiola, A., Dai, X., Hsiung, L., Kim, W., Zhou, H., Zou, P., Levine, A. J., Li, J., Weiss, S. (2018). Membrane insertion of- and membrane potential sensing by- semiconductor voltage nanosensors: Feasibility demonstration. Sci Adv 4, e1601453.
15. Shvadchak, V., Zgheib, S., Basta, B., Humbert, N., Langedijk, J., Morris, M. C., Ciaco, S., Maskri, O., Darlix, J. L., Mauffret, O., Fosse, P., Real, E. & Mely, Y. (2018). Rationally designed peptides as efficient inhibitors of nucleic acid chaperone activity of HIV-1 nucleocapsid protein. Biochemistry 57, 4562-4573.
16. Kucherak, O. A., Shvadchak, V. V., Kyriukha, Y. A. & Yushchenko, D. A. (2018). Synthesis of a Fluorescent Probe for Sensing Multiple Protein States. Eur J Org Chem, 5155-5162.
2017
17. Afitska, K., Fucikova, A., Shvadchak, V. V., Yushchenko, D. A. (2017). Modification of C-terminus provides new insights into the mechanism of α-synuclein aggregation. Biophy J 113, 2182-91.
18. Semerdzhiev, S. A., Shvadchak, V. V., Subramaniam, V., Claessens, M. (2017). Non-uniform self-assembly: On the anisotropic architecture of alpha-synuclein supra-fibrillar aggregates. Sci Rep 7, 7699.
19. Shvadchak, V. V., Kucherak, O., Afitska, K., Dziuba, D., Yushchenko, D. A. (2017). Environmentally sensitive probes for monitoring protein-membrane interactions at nanomolar concentrations. Biochim Biophys Acta 1859, 852-59.
2016
20. Zamotaiev, O. M., Shvadchak, V., Sych, T. P., Melnychuk, N. A., Yushchenko, D., Mely, Y., Pivovarenko, V. G. (2016). Environment-sensitive quinolone demonstrating long-lived fluorescence and unusually slow excited-state intramolecular proton transfer kinetics. Methods Appl Fluoresc, 4, 034004.
2015
21. Shvadchak, V. V., Claessens, M. M., Subramaniam, V. (2015). Fibril Breaking Accelerates alpha-Synuclein Fibrillization. J Phys Chem B, 119, 1912-18.
2014
22. Zamotaiev, O. M., Postupalenko, V. Y., Shvadchak, V. V., Pivovarenko, V. G., Klymchenko, A. S., Mely, Y. (2014) Monitoring penetratin interactions with lipid membranes and cell internalization using a new hydration-sensitive fluorescent probe. Org Biomol Chem, 12, 7036-44.
23. Shvadchak, V. V., Subramaniam, V. (2014) A four-amino acid linker between repeats in the alpha-synuclein sequence is important for fibril formation. Biochemistry 53, 279-81.
2013
24. Postupalenko, V. Y., Zamotaiev, O. M., Shvadchak, V. V., Strizhak, A. V., Pivovarenko, V. G., Klymchenko, A. S., Mely, Y. (2013) Dual-fluorescence L-amino acid reports insertion and orientation of melittin peptide in cell membranes. Bioconjug Chem, 24, 1998-2007.
2012
25. Strizhak, A. V., Postupalenko, V. Y., Shvadchak, V.V., Morellet, N. , Guittet, E. , Pivovarenko, V.G., Klymchenko , A.S., Mély, Y. (2012) Two-color fluorescent l-amino acid mimic of tryptophan for probing peptide–nucleic acid complexes. Bioconjug Chem. 23, 2434–43.
26. Giordano, L., Shvadchak, V. V., Fauerbach, J. A., Jares-Erijman, E. A., Jovin, T. M. (2012) Highly Solvatochromic 7-Aryl-3-hydroxychromones. J Phys Chem Lett 3, 1011-16 (52 cit.)
27. Pivovarenko, V. G., Zamotaiev, O. M., Shvadchak, V. V., Postupalenko, V. Y., Klymchenko, A. S. & Mely, Y. (2012). Quantification of local hydration at the surface of biomolecules using dual-fluorescence labels. J Phys Chem A 116, 3103-09.
2011
28. Shvadchak, V.V., Yushchenko, D.A., Pievo, R. and Jovin, T.M. (2011) The mode of alpha-synuclein binding to membranes depends on lipid composition and lipid to protein ratio. FEBS Lett. 585, 3513-9.
29. Shvadchak, V.V., Falomir-Lockhart, L.J., Yushchenko, D.A. and Jovin, T.M. (2011) Specificity and kinetics of alpha-synuclein binding to model membranes determined with fluorescent excited state intramolecular proton transfer (ESIPT) probe. J Biol Chem, 286, 13023-32.
30. Postupalenko, V. Y., Shvadchak, V. V., Duportail, G., Pivovarenko, V. G., Klymchenko, A. S., Mely, Y. (2011). Monitoring membrane binding and insertion of peptides by two-color fluorescent label. Biochim Biophys Acta 1808, 424-32.
31. Zamotaiev, O. M., Postupalenko, V. Y., Shvadchak, V. V., Pivovarenko, V. G., Klymchenko, A. S., Mely, Y. (2011). Improved Hydration-Sensitive Dual-Fluorescence Labels For Monitoring Peptide-Nucleic Acid Interactions. Bioconjug Chem. , 22, 101-07.
32. Greiner, V. J., Shvadchak, V., Fritz, J., Arntz, Y., Didier, P., Frisch, B., Boudier, C., Mely, Y., and de Rocquigny, H. (2011) Characterization of the mechanisms of HIV-1 Vpr(52-96) internalization in cells. Biochimie 93, 1647-58.
2010
33. Choulier, L., Shvadchak, V., Naidoo, A., Klymchenko, A., Mely, Y., Altschuh, D. (2010) A peptide-based fluorescent ratiometric sensor for quantitative detection of proteins. Anal. Biochem., 401, 188-95.
2009
34. Shvadchak, V.V., Klymchenko, A.S., de Rocquigny, H. and Mely, Y. (2009) Sensing peptide–oligonucleotide interactions by a two-color fluorescence label: application to the HIV-1 nucleocapsid protein. Nucleic Acids Res, e37, (3), e25.
35. Shvadchak, V.; Sanglier, S.; Rocle, S.; Villa, P.; Haiech, J.; Hibert, M.; Van Dorsselaer, A.; Mely, Y.; de Rocquigny, H. (2009) Identification by high throughput screening of small compounds inhibiting the nucleic acid destabilization activity of the HIV-1 nucleocapsid protein. Biochimie, 91, (7), 916-23.
36. Bilokin, M.D., Shvadchak, V.V., Yushchenko, D.A., Duportail, G., Mely, Y. and Pivovarenko, V.G. (2009) Dual-Fluorescence Probe of Environment Basicity (Hydrogen Bond Accepting Ability) Displaying no Sensitivity to Polarity. J Fluoresc., 19, (3), 545-53.
37. Bilokin, M.D., Shvadchak, V.V., Yushchenko, D.A., Klymchenko, A.S., Duportail, G., Mely, Y. and Pivovarenko, V.G. (2009) 3-Hydroxybenzo[g]quinolones: dyes with red-shifted absorption and highly resolved dual emission. Tetrah. Lett., 50, (30), 4714-9.
38. Spadafora, M., Postupalenko, V., Shvadchak, V.V., Klymchenko, Mely, Y., Burger, A., and Benhida, R. (2009) Efficient Synthesis of Ratiometric Fluorescent Nucleosides Featuring 3-Hydroxychromone Nucleobases Tetrahedron, 67, (37), 7809-16.
2008
39. Klymchenko, A.S., Shvadchak, V.V., Yushchenko, D.A., Jain, N. and Mely, Y. (2008) Excited-state intramolecular proton transfer distinguishes microenvironments in single- and double-stranded DNA. J Phys Chem B, 112, 12050-5.
40. de Rocquigny, H., Shvadchak, V., Avilov, S., Dong, C.Z., Dietrich, U., Darlix, J.L. and Mely, Y. (2008) Targeting the viral nucleocapsid protein in anti-HIV-1 therapy. Mini Rev Med Chem, 8, 24-35.
41. Avilov, S.V., Piemont, E., Shvadchak, V., de Rocquigny, H. and Mely, Y. (2008) Probing dynamics of HIV-1 nucleocapsid protein/target hexanucleotide complexes by 2-aminopurine. Nucleic Acids Res, 36, 885-96.
42. Pipko, S., Bezgubenko, L., Sinitsa, A., Rusanov, E., Kapustin, E., Povolotskii, M. and Shvadchak, V. (2008) Synthesis and structure of complexes of phosphorus pentachloride with 4-dimethylaminopyridine and N-methytimidazole. Heteroatom Chem, 19, 171-77.
2007
43. Yushchenko, D.A., Shvadchak, V.V., Klymchenko, A.S., Duportail, G., Pivovarenko, V.G. and Mely, Y. (2007) Modulation of excited-state intramolecular proton transfer by viscosity in protic media. J Phys Chem A, 111, 10435-38.
44. Yushchenko, D.A., Shvadchak, V.V., Klymchenko, A.S., Duportail, G., Pivovarenko, V.G. and Mely, Y. (2007) Steric control of the excited-state intramolecular proton transfer in 3-hydroxyquinolones: steady-state and time-resolved fluorescence study. J Phys Chem A, 111, 8986-92.
45. M’Baye, G., Klymchenko, A.S., Yushchenko, D.A., Shvadchak, V.V., Ozturk, T., Mely, Y. and Duportail, G. (2007) Fluorescent dyes undergoing intramolecular proton transfer with improved sensitivity to surface charge in lipid bilayers. Photochem Photobiol Sci, 6, 71-76.
2006
46. Yushchenko, D.A., Shvadchak, V.V., Bilokin, M.D., Klymchenko, A.S., Duportail, G., Mely, Y. and Pivovarenko, V.G. (2006) Modulation of dual fluorescence in a 3-hydroxyquinolone dye by perturbation of its intramolecular proton transfer with solvent polarity and basicity. Photochem Photobiol Sci, 5, 1038-44.
47. Yushchenko, D., Shvadchak, V., Klymchenko, A., Duportail, G., Mely, Y. and Pivovarenko, V. (2006) 2-Aryl-3-hydroxyquinolones, a new class of dyes with solvent dependent dual emission due to excited state intramolecular proton transfer. New J Chem, 30, 774-81.
48. Pipko, S., Simurova, N., Shvadchak, V., Bezgubenko, L. and Luk’yanenko, S. (2006) Dichlorophosphate anion in the synthesis of thioamides. Russ J Gen Chem+, 76, 1019-21.

Patent
Mely, Y., Langedijk, J., Shvadchak, V., Darlix, J-L. Peptides and antiviral drug, (2012) WO2012076822A1

E-mail: volodymyr.shvadchak@pnu.edu.ua

Робочий телефон: +38(0342)596171

Researchgate

Прикарпатський національний університет імені Василя Стефаника